Quitridomicetos
Los quitridomicetos presentan alternancia de generaciones. Una generación presenta gametotalos haploides y otra esporotalos diploides. Los gametotalos desarrollan unos gametangios masculinos y otros femeninos. Los gamentangios van a producir gametos móviles denominados planogametos. Un gameto masculino y uno femenino, se fusionan en el medio para formar un cigoto biflagelado que posteriormente pierde los flagelos y se enquista. La germinación del quiste diploide va a producir un esporotalo. Al madurar, el esporotalo desarrollará zoosporangios de dos tipos: mitosporangios y meiosporangios. Los mitosporangios presentan una pared delgada e incolora. En su interior van a producir zoosporas diploides por división mitótica. Las zoosporas son liberadas, nadan por un tiempo, se enquistan y germinan para originar nuevos esporotalos diploides. Los meiosporangios presentan paredes celulares gruesas y pigmentadas. Estos van a producir, por meiosis, zoosporas haploides. Estas esporas, conocidas como zoosporas de latencia, se enquistan y posteriormente germinarán para formar nuevos gametotalos.
Zigomicetos
Cuando se encuentran dos micelios (haploides) de tipos sexuales diferentes (+, -), imposibles de distinguir morfológicamente, sobre sus hifas se desarrollan unas extensiones o gametangios que quedan separadas del resto de la hifa por un tabique y encierran varios núcleos. Los gametangios se unen entre sí (plasmogamia) para dar una célula única dicariótica: el zigosporangio (también llamada comúnmente por su aspecto zigospora). Los núcleos haploides de esta célula se emparejan sin unirse. El zigosporangio desarrolla una cubierta negra, gruesa y rugosa, lo que le permite resistir en reposo durante meses, condiciones de fuerte sequedad y otros factores ambientales adversos, actuando como forma (espora) de resistencia. Cuando las condiciones de humedad y temperatura son favorables se produce la unión (cariogamia) entre los núcleos emparejados, a la que sigue inmediatamente la meiosis; el zigosporangio sale del letargo se abre por una fisura y germina formando un corto esporangioforo cuyo esporangio dispersará esporas haploides genéticamente distintas: + y -. Cuando las esporas germinan dan origen a nuevos micelios de distinto signo, que vuelven a empezar el ciclo.
Ascomicetos
El ciclo sexual de un ascomiceto multicelular implica distintos procesos que llevan a la formación de esporas sexuales o ascosporas en unos esporangios llamados ascas (típicamente 8 ascosporas por asca), situados en el extremo de ciertas hifas de su micelio. El ciclo se inicia en un micelio vegetativo, o primario, con hifas de células uninucleadas (hifas monocarióticas), en el cual hifas de signos opuestos se entremezclan actuando unas como “masculinas” (+) y otras como “femeninas” (-). En el extremo de una corta hifa desarrollada sobre una “masculina”, se forma un anteridio multinucleado. Este, mediante una fina proyección denominada tricógino, se une al ascogonio, que es otra estructura multinucleada situada al final de otra corta hifa crecida sobre una “femenina”. Los núcleos del anteridio penetran en el ascogonio y se aproximan sin llegar a unirse con sus núcleos. Estas células con dos núcleos genéticamente diferentes que se mantienen separados se denominan dicarióticas y el micelio formado por ellas: micelio secundario o dicariótico. Después cada núcleo se divide por mitosis y desde el ascogonio se desarrollan varias hifas dicarióticas (hifas ascógenas) ramificadas. Estas hifas tienen pocas células y dependen para su nutrición del micelio vegetativo monocariótico al que están unidas.
Basidiomicetos
El ciclo vital de un basidiomiceto típico es simple. Lo más corriente es que las basidiosporas (haploides) germinen y den lugar a un micelio primario, monocariótico. Esta fase suele ser corta, ya que pronto ocurre la somatogamia fusión de hifas y se obtiene un micelio secundario, dicariótico, que crece mediante fíbulas. Este micelio es el más abundante en la naturaleza. En algunos casos de hongos micorrizógenos, puede ocupar varias hectáreas, pesar bastantes toneladas y tener una edad de varios milenios. Los septos son complejos, ya que presentan un poro central rodeado de una serie de membranas. En ocasiones, el micelio puede formar cordones o rizomorfos. También se dan casos en que el micelio es un diploide estable, como en Armillaria. Sin embargo, lo más típico es la reproducción sexual (aunque existen especies que no la presentan). El micelio secundario puede agruparse en «tejidos» especializados (plectenquima), aún dicarióticos, y el micelio se denomina entonces terciario. Da lugar a cuerpos fructíferos, los basidiocarpos, algunos de los cuales son bastante grandes, hermosos y comestibles: las conocidas setas o sombreros. En el campo es frecuente encontrar grupos de setas dispuestas en anillo, los “círculos de brujas” debido al crecimiento en todas direcciones del micelio y la aparición de basidiocarpos en la periferia. En cambio, otros basidiocarpos son muy diferentes a las setas.