El Rey: Desde el inicio de la época de la conquista, el monarca castellano gozaba de un poder absoluto y sus decisiones eran inapelables. Esto ocurre toda vez que la financiación del proyecto de conquista de América es llevada a cabo por la Corona de Castilla-León. La Corona de Aragón no tuvo mayor participación en la empresa. Durante el reinado del Rey Emperador CARLOS (I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico) operó la fusión entre ambos reinos. El Rey nombraba a los ministros civiles, militares, religiosos a todo lo largo de sus dominios hispánicos.
El Consejo de Indias: Originalmente existía en España una sección del Consejo de Castilla, que atendía los asuntos coloniales. El 1 de agosto de 1524 se convirtió en un organismo autónomo, el cual fue reorganizado en 1542. Esta agencia tenía la administración de todos los asuntos civiles, militares, eclesiásticos y mercantiles de las colonias españolas. Estaba conformado por un Gran Canciller o Presidente, un Teniente del Gran Canciller, ocho Consejeros Letrados, un Fiscal, dos Secretarios, tres relatores, un Escribano de Cámara de Justicia, un Tasador de Procesos y un Abogado Procurador de Pobres. Al Consejo de Indias le correspondía todo lo relacionado al gobierno y administración colonial, ejerciendo funciones legislativas, financieras, judiciales y de coordinación eclesiástica. En el año 1600 se conformó una Junta de Guerra de Indias, encargada de los asuntos militares y navales, la cual era integrada por miembros del Consejo de Indias y del Consejo de Guerra de Castilla. En 1714 se creó la Secretaría de Marina e Indias, la cual asumió funciones en el área de Guerra, Navegación, Comercio, Hacienda, la designación de todos los funcionarios, incluyendo los del Consejo de Indias y la casa de Contratación. A finales del siglo XVIII se creó una Secretaría de Indias con funciones jurisdiccionales, patronato civil y eclesiástico. El Consejo de Indias fue suprimido por las Cortes de Cádiz en 1812 y abolido finalmente en 1834.
La Casa de Contratación: El 20 de enero de 1503 se fundó la Casa de Contratación, que tuvo su sede en Sevilla. La misma tenía como misión, regular el comercio entre España y las colonias americanas. Posteriormente se le confirió atribuciones políticas, judiciales (jurisdicción civil y penal en el área mercantil), fiscal y eclesiásticas. Constituyó una gran fuente de conocimientos náuticos, geográficos, meteorológicos, botánicos, zoológicos, étnicos y sociales en razón de las «Relaciones» que los descubridores, conquistadores y gobernantes le remitían. Con la creación del Supremo Consejo de Indias, la Casa de Contratación quedó como uno de sus departamentos, siendo trasladada en 1772 a Cádiz. Fue suprimida en 1790.
Las Audiencias Reales: Tribunales con funciones políticas, administrativas y judiciales. Antes de la creación de las Presidencias y Virreinatos, esta entidad ejerció funciones gubernativas importantes. Con la creación de otras instituciones, no perdió la totalidad de sus poderes, manteniendo la facultad de organizar y proteger a los indígenas, conocer de las apelaciones aquellas causas decididas por el Virreyes y Gobernadores, y el poder de nombrar jueces pesquisidores. De igual forma, ejerció poderes ejecutivos en ausencia o falta del Virrey. Este funcionario presidía la Audiencia de la Capital Virreinal. Las funciones jurisdiccionales de la audiencia, consistían en ser el tribunal de mayor jerarquía de sus respectivos distritos, conocía en primera instancia los casos civiles y criminales. Sus fallos eran inapelables en materia penal, mientras que en la civil, había la posibilidad de apelar ante el Consejo de Indias cuando la cuantía era superior a diez mil pesos oro. De igual forma, conocía sobre las acusaciones de funcionarios subalternos y actuaba como tribunal de segunda instancia en sentencias proferidas por los Corregidores, Alcaldes y Cabildos. En cuanto a la figura del Virrey o del Presidente, la Real Audiencia actuó como asesora y vigilante de su conducta. La misma estaba compuesta de un Presidente, Oidores que actuaban como jueces, Fiscales, Alguacil Mayor, Relatores, Escribanos, Receptores y Procuradores. Dentro del continente americano, funcionaron las siguientes Audiencias:
Capitanes Generales: Esta figura, en realidad fue de carácter militar. No obstante, ejerció funciones en cuestiones relacionadas con la guerra y presidios (cuando estas eran fortalezas). Sus decisiones admitían apelación ante la Junta de Guerra de Indias, y al suprimirse esta, ante la Audiencias. La Corona eventualmente ordenó la unificación de los títulos con el de Virrey, Presidente o Gobernador. En consecuencia, por ejemplo, el Virrey era Gobernador, Capitán General y Presidente de la Audiencia de la sede del Virreinato.
Gobernadores: Durante los primeros años de la conquista española sobre el continente americano, la figura del Gobernador fue la principal y la más amplia. Con el nombramiento de PEDRO ARIAS DE AVILA en 1513, prácticamente hubo una sola gobernación en el Continente. En este momento, se otorgaba la gobernación al jefe de una expedición en virtud de Capitulación efectuada con la Corona. A medida que se iban descubriendo nuevos territorios, iba mermando las atribuciones de los gobernadores, a fin de acrecentar las de otras instituciones gubernamentales. Posteriormente, era designado por el Rey sobre la base de candidatos propuestos por el Consejo de Indias. El Gobernador contaba con la ayuda de un funcionario designado por él, con el título de Teniente Gobernador. En cada cabecera de provincia, era designado un Teniente Gobernador.
Los Cabildos: Los Cabildos americanos fueron estructurados siguiendo el patrón de los cabildos españoles. Eran las unidades del gobierno local. Les correspondían funciones de exacción y distribución de las rentas y tributos reales y tierras, la imposición de los gravámenes municipales, la organización y reclutamiento de la policía urbana, la administración del poblado, el cuidado de los abastos y del pósito (depósitos de trigo), lo referente a las cárceles, hospitales, obras públicas y el ornato urbano. Existían dos tipos de Cabildos: el ordinario que era el que se reunía habitualmente; y el Cabildo abierto que se convocaba en momentos de extrema gravedad, donde participaban todos los vecinos.
