Durante el reinado de Felipe II, los conflictos con Francia continuaron hasta la victoria de los tercios españoles en San Quintín (1557) y la firma de la paz de Cateau-Cambresis (1559). En las guerras de religión que se produjeron en Francia, Felipe II apoyo a los católicos frente a los hugonotes, ante las pretensiones al trono de Enrique de Borbón. En 1593, Enrique se volvíó al catolicismo, subíó al trono como Enrique IV, y España y Francia firmaron la paz de Vervins (1598).
Durante el reinado de Felipe II, los otomanos amenazaron el mediterráneo al apoderarse de Chipre y Túnez. Ante esto, Venecia, el Papado y la monarquía hispánica se unieron. El enfrentamiento sucedíó en el Golfo de Lepanto (1571), victoria de los cristianos, que alejo el problema turco del Mediterráneo occidental durante años.
La guerra en los Países bajos fue el mayor problema de Felipe II. Los burgueses estaban descontentos ante la subida de los impuestos por el surgimiento de un sentimiento nacionalista y el conflicto religioso. La primera rebelión se produjo en Flandes (1566) y contó con el apoyo de Francia e Inglaterra, ya que querían dominar el poder de la corona española. Al frente de los rebeldes estuvieron los Condes de Horn y de Egmont, Guillermo de Nassan después. Para combatirlos, Felipe II envió a los tercios con sus mejores generales al frente: el duque de Alba, Juan de Austria etc…
Finalmente, el sur de los países bajos, acepto a obediencia a Felipe II, pero el norte continuó la lucha por la independencia. Felipe II acabo designando a su hija Isabel Clara Eugenia, gobernadora con derecho a sucesión, pero al no tener esta descendencia, los países bajos revirtieron a la corona española en el Siglo XII y se reabríó el conflicto.
Inglaterra había sido aliada de la corona española frente a Francia. El 1 matrimonio de Felipe II fue con María Tudor (hija de Enrique IV), reina de Inglaterra y católica, al morir, paso su trono a su hermanastra, la reina Isabel I (1558), la cual apoyo a los protestantes de Flandes, esta quería competir por el dominio del atlántico y el control americano, protegíó a los corsarios que atacaban los bancos españoles. Felipe II decidíó enfrentarse a Inglaterra y preparo La Armada Invencible. Esto resulto un desastre y la invencible regreso vencida y diezmada (1588)
EL MODELO Político DE LOS AUSTRIAS
La monarquía de los Austrias nunca fue un estado unitario. La Corona era el punto de uníón de los diversos reinos, los cuales seguían conservando sus leyes, instituciones, usos y costumbres civiles. La preeminencia la tuvo siempre Castilla, a la que se incorporaron Navarra y dominios de América. La monarquía era autoritaria aunque a lo largo de los siglos XVI y XVII evoluciono hacia formas absolutas. En este proceso hubo grandes diferencias entre la corona de Castilla y la de Aragón. En Castilla, el peso y el poder del monarca fue mayor que en Aragón, aunque en esta hubo más resistencia para mantener fueros privilegios y exenciones.
El gobierno del Imperio fue muy complejo: su base se acento en las reformas introducidas por los Reyes Católicos, pero fue evolucionando conforme a las necesidades de manejar el Imperio. El rey era la cabeza de gobierno y de la administración. Junto al monarca estaban sus secretarios y ayudantes más directos, quienes trataban las decisiones cuando el rey no lo hacía. Se reforzaron los consejos para auxiliar al monarca en su tarea de Gobierno. Había diferentes tipos de consejos, algunos eran territoriales como Aragón, Italia, Flandes y el de Castilla, el cual tuvo un papel fundamental y acabo siendo la base del Estado. En la época de Carlos I se establecíó el consejo de Indias para ocuparse de los asuntos de los territorios de América y el Consejo de Italia.
Existían otros consejos: el de Hacienda, el de órdenes militares y el de Guerra. Se creó el consejo del estado en el momento culminante de la monarquía, por otro lado como tribunal supremo de justicia funcionaria el consejo de la cámara de Castilla, nacido en el consejo real de Castilla. Las cortes siguieron celebrándose por reinos y conservaron su carácter estamental. La nobleza y el clero dejaron de asistir a las cortes, ya que no estaban obligados a pagar tributos, de esta manera, las cortes quedaron recluidas a los representantes de las ciudades. El consejo de Ciento en Barcelona y Valencia y el de Generalidad conservaron su vigencia. Navarra conservaba la institución de la cámara de cortes; las provincias de Álava, Guipúzcoa, Vizcaya y la corona de Aragón conservaron sus fueros.
El gobierno municipal siguió en los concejos, compuestos por alcaldes, concejales y otros cargos, además de los corregidores. Los gobiernos municipales fueron desempeñados por las propias oligarquías de las ciudades, que procuraron mantenerlos bajo su control. La justicia estaba formada por Audiencias y el tribunal de la inquisición. El virrey era el poder supremo fuera de Castilla, este era el representante del monarca y reunía poder civil, militar y judicial. Los virreinatos se extendieron por Europa y América aunque hubo diversos cambios. En la península se crearon los de Aragón, Valencia y Cataluña, y en el exterior los de Nápoles y Sicilia. En América se crearon Nueva España y Perú, y después el de la plata y el de Nueva Granada. En Flandes hubo gobernadores militares, no virreyes.
El poder real se completaba con el ejército (dependía del rey y de los nobles), el cual procedía de los distintos territorios y así estaba compuesto de soldados castellanos, alemanes suizos, etc. Ellos integraban los tercios de infantería. El ejército se compónía por lo común de mercenarios, aunque practicaban levas entre la población para su reclutamiento.
La complejidad y diversidad de este sistema causaría tensiones en el siglo siguiente, planteando la posibilidad de su reforma.