A finales del Siglo XIX las únicas colonias que tenía España eran Cuba, Puerto Rico, Filipinas y algunas islas del Pacífico (archipiélagos de las Carolinas, islas Marianas y Palaos) . Cuba era la colonia más importante. En ella vivían numerosos inmigrantes procedentes de la península. Su economía se basaba en la agricultura de plantación para la exportación (azúcar, café y tabaco). Esta actividad constituía una importante fuente de ingresos para el Estado y algunas empresas españolas. La política arancelaria que impónían los gobiernos españoles convertía a Cuba y Puerto Rico en mercados cautivos, que compraban el trigo castellano y los tejidos catalanes a precios elevados.
El caso de Filipinas era diferente pues la población española era escasa y su papel económico se basaba en que el archipiélago daba acceso a intercambios con Asía.
El proceso hacia la independencia de Cuba comienza en Octubre de 1868 cuando, aprovechando la inestabilidad que en ese momento se registraba en la Península, Carlos Manuel de Céspedes inicia un alzamiento conocido como Grito de Yara, que da inicio a lo que se conoce como Guerra Larga o Guerra de los 10 Años que se prolonga hasta 1878. En la paz de Zanjón de 1878 se pactaron medidas para darle cierta autonomía a Cuba, abolir la esclavitud y que hubiese diputados cubanos en el parlamento español.
Existían dos partidos:
El Partido Uníón Constitucional, formado por los españoles y los grandes latifundistas azucareros, que se opónía a las reformas.
El Partido Liberal Cubano, formado por los criollos, que era partidario de la autonomía.
La mayoría de los políticos españoles era contraria a darle la autonomía a Cuba, lo que condujo al incumplimiento de lo pactado en Zanjón, dando lugar a un nuevo alzamiento cubano en 1879-1880 (Guerra Chiquita). Aunque en 1888 los liberales abolieron la esclavitud, el malestar de la población cubana se incrementó a partir de 1891, cuando España introdujo un impuesto a la importación de productos no procedentes de España (Arancel Cánovas)
. Esto incomodó a EE.UU. Que adquiría la mayor parte del azúcar y tabaco en Cuba pero debía pagar fuertes aranceles por los productos que vendía a Cuba.
El incumplimiento de la paz de Zanjón (1878), el arancel Cánovas y el apoyo de los EE.UU. A los descontentos hicieron que en 1895 se reiniciara el conflicto cubano. La insurrección se inició en la localidad de Baire (Grito de Baire)
Y tenía en José Martí, fundador del Partido Revolucionario Cubano, a su principal líder y a Antonio Maceo y Máximo Gómez a sus principales dirigentes militares.
España envió 200.000 soldados a la isla, muchos de los cuales murieron por las enfermedades tropicales (por ejemplo, la fiebre amarilla) y la falta de medios sanitarios. A pesar de este elevado contingente, las tropas españolas no lograron derrotar definitivamente a los insurgentes, mucho más adaptados al terreno, lo que les permitía aplicar tácticas de guerra de guerrillas.
Tras la muerte de Cánovas en 1897, Sagasta inició una estrategia de conciliación, decretando la autonomía de Cuba, el sufragio universal masculino, la igualdad de derechos entre peninsulares e insulares y la autonomía arancelaria. Pero ya era demasiado tarde.
En el caso de las islas Filipinas, el malestar venía del descontento de la población con los métodos de la administración española y el excesivo poder de las órdenes religiosas. En 1892, José Rizal fundó la Liga Filipina, que exigía la expulsión de los españoles y la confiscación de sus latifundios. Otro líder independentista filipino es Emilio Aguinaldo, que a la postre expresaría su arrepentimiento de haberse levantado contra España.
La insurrección de Filipinas se inició en 1896. El capitán general Camilo García Polavieja llevó una política represiva. En 1897, el gobierno liberal nombró capitán general a Fernando Primo de Rivera que inició una negociación con los jefes de la insurrección que supuso la pacificación del archipiélago.
Los políticos españoles trataron de evitar un enfrentamiento con Estados Unidos. Pero la opinión pública y la mayoría de los políticos norteamericanos eran favorables a la intervención militar en Cuba. En 1897, el presidente McKinley, que enviaba armas a los rebeldes por mar, se mostró decidido a intervenir en el conflicto directamente. El pretexto fue la explosión accidental y hundimiento a comienzos del año 1898 de su buque de guerra Maine, anclado en la bahía de La Habana. La negativa de España a aceptar la oferta de compra norteamericana y renunciar a la isla inició el enfrentamiento entre ambos que se extendíó a Filipinas. Los norteamericanos destruyeron la flota española en dos breves combates navales, Santiago de Cuba y Cavite (Filipinas). Estos desastres llevaron al gobierno español a pedir la paz.
El Tratado de París, firmado el 10 de Diciembre, obligó a España a ceder Filipinas, Guam, Cuba y Puerto Rico a Estados Unidos. Las últimas colonias en el Pacífico se vendieron a Alemania en 1899, debido a la imposibilidad de hacer efectiva su ocupación. Así se perdieron los últimos restos del Imperio español.