Tras el estado de la revolución francesa se produjo un miedo al contagio revolucionario. Se llevó a cabo una política de aislamiento (persecución de los ilustrados, la prohibición de lecturas y enseñanzas en francés). Se expulsan a ministros ilustrados como Floridablanca, sustituido por Aranda, que intenta un acercamiento leve a Francia, que resulta ineficaz, por lo que es nombrado ministro a Godoy en 1792. Tras la ejecución de Luis XVI se inicia la Guerra contra Francia que acaba en derrota firmando la Paz de Basilea que subordina los intereses de los españoles a los franceses mediante el Pacto de San Ildefonso. Tras la llegada de Napoleón al poder se produce la alianza con Francia y la enemistad con Gran Bretaña que llevará a la guerra (desastre de Trafalgar). Esta derrota supuso a la corona perder los recursos procedentes de las colonias, por lo que Godoy tuvo que recurrir al endeudamiento, el aumento de las contribuciones y a la desamortización de los bienes eclesiásticos. Godoy tuvo la oposición de la mayoría de los grupos sociales. La Nobleza lo consideraba un plebeyo, La iglesia por la desamortización de los bienes religiosos y el Pueblo por la subida de impuestos, las epidemias, el hambre y la escasez que provocaron motines y revueltas. El Heredero Fernando se sintió postergado con la actitud de sus padres con Godoy. Esta oposición se ve reflejada en el Motín de Aranjuez. En el tratado de Fontainebleau, España permite el paso a las tropas francesas para conquistar Portugal acordando su reparto, con la cesión de un Principado para Godoy. Las tropas francesas se reparten por diversos puntos de España y ante el temor a una invasión la familia se dirige a Aranjuez con la intención de seguir hasta Cádiz y después a América. Se produce entonces un motín popular dirigido por nobleza, clero y por Fernando. Los objetivos fueron conseguidos, Godoy fue destituido y Carlos IV abdicó en favor de Fernando. Se produjo una crisis monárquica, Carlos pide ayuda a Napoleón que intervino produciendo la invasión y el fin de los Borbones. Napoleón convoca a Carlos y Fernando obligándolos a abdicar en él y corona a su hermano José Bonaparte.
Napoleón consideraba que el régimen español estaba anticuado y reunió a una parte de las Cortes proclamando el Estatuto de Bayona (Carta otorgada). José Bonaparte intentó hacer una serie de reformas para acabar con el antiguo Régimen. El Estatuto de Bayona seguía estas ideas pero además reconocía la igualdad de los españoles ante la ley, los impuestos y el acceso a los cargos públicos, a pesar de esto, contó con poco apoyo e incomprensión generalizada, sus actuaciones estaban subordinadas a las necesidades militares de la conquista. Las violentas actuaciones de las tropas napoleónicas pusieron a la población en su contra.
La guerra de independencia comenzó el 2 de mayo de 1808 por un levantamiento popular en Madrid por la partida del resto de la familia real de Madrid a Bayona y los rumores de que Fernando estaba preso por Napoleón ya que querían impedir su salida y estaban en contra de las tropas francesas, como consecuencia se produjo una gran represión; esto se extendió rápidamente por todo el país. En los primeros levantamientos surgieron las juntas de armamento y defensa porque había desorganización y las clases privilegiadas tenían poca iniciativa. De juntas locales pasaron a organizarse provincialmente y se asumió la soberanía en ausencia del rey declarándole la guerra a Napoleón. Estas juntas envían representantes a Aranjuez tras la derrota de Bailén y forman la junta suprema central para coordinar la lucha y regir el país, aquí se reconocía a Fernando VII rey legítimo. Durante la guerra se trasladó a Sevilla y después a Cádiz. Desde el punto de vista bélico el ejército español no podía oponerse a las fuerzas francesas ya que era inferior y optó por los sitios y las guerrillas, dirigidas por un jefe para frenar los avances franceses, además contaban con el conocimiento del terreno y el apoyo de la población.
Esta guerra se dividió en 3 fases, la primera fase que va de Mayo a Otoño de 1808 el intento de conquista fue frenado por los sitios encontraron resistencia en Gerona y sufrieron derrotas en Bruc y en Bailén. Además impidieron la conquista de Andalucía; de otoño de 1808 a primavera de 1812, Napoleón llega a España iniciando una contraofensiva por todo el país. Ante la superioridad numérica de los franceses surgieron guerrillas dirigidas por militares, sacerdotes y campesinos; en 1812 se llega al fin de la guerra, Napoleón quiso invadir Rusia y tuvo que dividir sus tropas. El Duque de Wellington tomó Madrid y venció en Vitoria y San Marcial. En Diciembre de 1813 se firmó la paz de ValenÇai, la paz con Francia y se reconoció a Fernando VII como rey.
Los afrancesados colaboraron con José I, eran ilustrados que querían modernizar España. El frente político estaba compuesto por la mayor parte de la población opuesta a la invasión; el clero y la nobleza reclamaban la vuelta al absolutismo; los ilustrados pretendían una modernización sin abandonar el antiguo régimen y los liberales buscaban cambios políticos, económicos y sociales.
Tras la guerra España quedó destrozada con 300.000 muertos y enormes destrucciones; económicamente la agricultura quedó arruinada, las ciudades destrozadas… Socialmente tras el enfrentamiento entre los grupos ideológicos España perdió intelectuales, artistas y funcionarios. Quedará también un fuerte odio a los franceses, una mayor participación de militares en la política y el inicio ideológico de la independencia americana, primer intento para acabar con el antiguo régimen.
Las Cortes se convocan 1810 por la Junta Suprema Central está se disuelve por las derrotas militares y es sustituida por el Consejo de Regencia. La elección representante fue un proceso difícil. Eligieron a muchos sustitutos en Cádiz dónde se produjo la apertura de las Cortes el 24 de septiembre de 1810 en la Real Isla de León (San Fernando). En ella los liberales consiguen que sea única cámara. En la primera sesión se aprueba la soberanía nacional con 300 diputados entre los que se encuentran; clérigos, abogados, militares, funcionario y burgueses.
La Pepa se aprueba el 19 de marzo de 1812 en ella hay 384 artículos en los que se declaran los derechos del ciudadano. En ella el concepto de nación se expresa como un conjunto de todos los peninsulares y en las colonias; no hay libertad religiosa; se puso fin a la monarquía de derecho divino; se refleja también la soberanía nacional y podemos encontrar la división de poderes que se utiliza actualmente como son el Ejecutivo, el Legislativo y Judicial. Aparte de eso también se crea una reforma fiscal, el Ejército Nacional y un servicio militar obligatorio, la enseñanza primaria pública y obligatoria y la división en provincias. La obra legislativa crea leyes y decretos para poner fin al Antiguo Régimen y modernizar España. En el aspecto social se pone fin a los privilegios de los nobles, en el aspecto económico a los gremios y se unifica el mercado; por último en el aspecto religioso se abolió la Inquisición.