El reinado de Isabel II. La oposición al liberalismo: carlismo y guerra civil. La cuestión foral.
El origen del conflicto se remonta al reinado de Fernando VII, cuando en la corte los más radicales absolutistas forman un grupo en torno a Don Carlos, hermano de Fernando, puesto que el monarca, a pesar de sus tres matrimonios hasta el momento no había tenido hijos. En 1829 Fernando VII se casa con su cuarta mujer, Mª Cristina de Nápoles. El año siguiente, 1830, la reina dio a luz una niña, Isabel. Antes de la muerte de Fernando VII acaecida en 1833, se desencadena una lucha entre los partidarios de Don Carlos y los de Mª Cristina y su hija Isabel. Puesto que los partidarios de Don Carlos estaban ya bien definidos (absolutistas radicales) a la reina no le queda otro remedio que buscar apoyos entre los liberales más moderados.
El conflicto se justificaba por la confusión existente en España en cuanto a la sucesión al trono. Las leyes de Partidas, vigentes en Castilla durante la Edad Media y bajo la monarquía de los Habsburgo, permitían el acceso al trono a las mujeres, aunque daban preferencia al varón, pero fueron derogadas por la ley Sálica con la llegada de los Borbones a España en el siglo XVIIII. Sin embargo habían sido puestas de nuevo en vigor por Carlos IV en 1789 mediante una Pragmática Sanción, votada en Cortes, pero no publicada, lo que le impedía entrar en vigor. Esta confusa situación hizo que tanto los partidarios de Carlos como los de Isabel se consideraran con legítimos derechos. Fernando publicó la Pragmática Sanción pero eso no hizo que el partido carlista cejara en sus pretensiones. En 1833, al la muerte del rey, Isabel era reconocida como heredera y su madre asumía la regencia. Los carlistas no aceptaron la situación y para defender sus pretensiones desencadenaron una guerra civil.
El carlismo, por tanto, era un movimiento político que no aceptaba los cambios que se habían producido en España tras la entrada de las ideas ilustradas, la invasión napoleónica y la revolución liberal de Cádiz. Pretendían una vuelta al Antiguo Régimen, al poder absoluto dado por Dios que debía ejercitarse para la «Gloria de Dios y el esplendor de su Sagrada Religión»; al control del Estado por parte de una aristocracia que acaparaba los altos cargos políticos, eclesiásticos y militares; al control del pensamiento por parte de la Iglesia, etc. El gobierno de Fernando VII había sido para ellos una decepción pues había continuado en la línea de los déspotas ilustrados, contando, incluso, con algunos ilustrados para gobernar. La Iglesia apoyo al carlismo como forma de evitar la pérdida de su poder político y de su control social.
Por otro lado estaba el problema de los fueros. Tras la Guerra de Sucesión, con los Decretos de Nueva Planta tanto Aragón como Cataluña habían perdido sus fueros y habían tenido que aceptar las leyes castellanas. Navarra y el País Vasco, en agradecimiento al apoyo dado al candidato Borbón, conservaron los suyos. El carlismo, al apoyar la restauración de los fueros tradicionales, triunfó en aquellas zonas donde existía una preocupación por la cuestión foral, tanto por miedo a perder los fueros como en el caso de Navarra o el País Vasco, como por interés en recuperarlos, en Aragón y Cataluña, especialmente en las zonas rurales, donde mayor era el descontento con las nuevas formas de vida que iban apareciendo en las ciudades ligadas a la industria y al comercio. Por su carácter rural, el carlismo no pudo conseguir el apoyo de las clases ilustradas que veían en el liberalismo un sistema político más apropiado para sus intereses y su modo de vida. La mayoría de las ciudades eran liberales (Bilbao, San Sebastián, Pamplona y Vitoria).
La Primera Guerra Carlista (1833-40) se desarrollo principalmente en el Norte. En otras zonas de España se formaron algunas partidas guerrilleras que actuaban casi como bandoleros asolando la región donde actuaban, dirigidas por hombres como Cabrera en Aragón o el Cura Merino, héroe de la guerra de la Independencia.
El gobierno isabelino, carente de recursos, no fue capaz de enviar un ejército bien equipado al norte con rapidez. El retraso en el envío de tropas permitió al dirigente carlista, Zumalacárregui, militar de carrera y experto en la guerra de guerrillas, adiestrar un ejército de 20.000 hombres. Cuando las tropas isabelinas llegaron se vieron acosadas por constantes emboscadas y escaramuzas sin conseguir un enfrentamiento en campo abierto. En 1835 Zumalacárregui controlaba la mayor parte de las Provincias Vascongadas. Animado por esos éxitos (y por la necesidad de conseguir dinero y apoyos internacionales), don Carlos le ordena en 1835 tomar Bilbao, a pesar de la opinión contraria de Zumalacárregui. La operación comenzó con éxito, abriéndose paso hacia Bilbao y venciendo al general liberal Espartero, pero poco después Zumalacárregui era alcanzado por una bala enemiga muriendo días después, lo que dejo a los carlistas sin su mejor general. El sitio de Bilbao fue levantado y durante los dos años siguientes la guerra se mantuvo en una situación de equilibrio entre los dos bandos.
Para salir de esa situación que perjudicaba más a los carlistas que a los liberales, pues agotaba a la población campesina que mantenía a las tropas carlistas, Don Carlos decidió emprender una gran expedición para salir de la base del Norte, aunque los militares más expertos estaban en contra. La Expedición Real de 1837 fue un fracaso: el ejército carlista cruzó toda Cataluña y Valencia llegando a la vista de Madrid. Los carlistas esperaban que el pueblo se sumara a su ejército, pero no ocurrió así, y ante la falta de los efectivos suficientes para atacar la capital dieron la vuelta y retrocedieron a su base del Norte.
En 1838 el general Espartero, que dirigía el ejército liberal, recibió por fin los recursos necesarios para contar con un ejército numeroso y bien equipado, iniciando una nueva campaña en el Norte. Mientras, en el bando carlista la situación se había ido haciendo más difícil debido a los enfrentamientos entre los propios dirigentes que desembocaron en conspiraciones y traiciones. Don Carlos había dado a Maroto el mando supremo de la región Norte. En febrero de 1839 se desencadenó una crisis entre Maroto y un grupo de de militares rivales, representantes de la facción más absolutista, que acabó con el fusilamiento de seis de ellos. Maroto recibió el apoyo de sus hombres pero no el de Don Carlos. Finalmente, cansado y decepcionado por la incapacidad del pretendiente y las intrigas de su corte, inició las negociaciones de paz con Espartero.
Finalmente, el 29 de agosto de 1839, Maroto firmó el Convenio de Vergara que reconocía a Isabel como reina legítima y respetaba los fueros. Navarra, donde la cuestión foral era secundaria, y donde se luchaba por el trono y el altar no acepto este acuerdo. Para ellos Vergara fue la gran traición, y se convirtió en el centro de la resistencia en el Norte, pero, cuando los vascos renunciaron, Navarra no pudo seguir luchando sola. Don Carlos cruzó la frontera francesa abandonando la lucha.
El carlismo siguió conservando alguna fuerza en las provincias vascas y sobre todo en Navarra, y solo en algunos momentos de crisis volverá a resurgir en las llamadas Segunda y Tercera Guerras Carlistas: en 1846 cuando cumple Isabel su mayoría de edad, al fracasar el proyecto de unir en matrimonio a la reina con el heredero de Don Carlos, y tras la revolución del 68 y la salida de España de Isabel II, que terminó con el regreso de Alfonso XII en 1875. Sin embargo el carlismo siguió vivo en la sociedad vasca, muy ligado a la cuestión foral, y en Navarra.