El proyecto cartesiano propugna la unidad de todas las ciencias en una sola (sabiduría universal), que dependen de un único método obtenido a partir del modelo que ofrecen las matemáticas. Descartes consagra la razón como fuente principal de conocimiento y seguro criterio de verdad. Sobre tales principios racionalistas apoya a su vez su método que será a un mismo tiempo punto de arranque y meta de su filosofía.
A su vez Descartes hace el método matemático el método de todo es real: substituye la complejidad de lo real por las ideas claras y distintas. Las ideas serán modelos a los que debe ajustarse la realidad, o bien serán la misma realidad. De esta manera, el pensamiento será la condición del ser y el cogito será el principio o punto de partida del que se deducirá todo lo real Descartes concibe el método como un camino seguro que nos llevara a un conocimiento pe4rfecto, proporciónándose certeza y evidencia, pues “toda ciencia es un conocimiento cierto y evidente”. Así pues, entiende el método como un conjunto de reglas ciertas y sencillas (la evidencia, análisis, síntesis y enumeración) que impiden tomar jamás un error por una verdad. La duda metódica es una exigencia del método cartesiano según la primer regla, regla de la evidencia, pues lo primero que se requiere para una proposición verdadera y cierta es que sea enteramente indudable ( y por tanto evidente).
Su talento matemático y su espíritu racionalista le llevaron a la idea de deducir todo su sistema a partir de unas pocas y evidentes verdades, tal y como hace la matemática al deducir sus teoremas a partir de unos axiomas. Para ello adopta como instrumento dudar de todo (de los sentidos, del sueño-vigilia, genio maligno y engañador) y, en ese proceso, se encuentra con una verdad indubitable que pasara a ser el primer principio de la filosofía: “cogito, ergo sum” que significa pienso luego existo, y será este principio el que le permita deducir un criterio de certeza pues el “cogito ergo sum” es cierto porque se presenta en mi mente con claridad y distinción, será considerado cierto. Por la regla del análisis decidimos cada dificultad hasta llegar a los elementos simple; por la regla de la síntesis conducimos nuestro pensamiento de lo más fácil (de los elementos simples) a lo más difícil (al problema complejo); y por la regla de enumeración revisamos todo el proceso hasta asegurar no omitir ningún paso y asegurar que no hay errores.
A su vez Descartes hace el método matemático el método de todo lo real: substituye la complejidad de lo real por las ideas claras y distintas. Las ideas claras y distintas. Las ideas serán los modelos a los que debe ajustarse la realidad, o bien serán la misma realidad. De esta manera, el pensamiento será la condición del ser y el “cogite” será el principio o punto de partida del que se deducirá todo lo real. Para Descartes existen tres tipos de ideas: -ideas adventicias: son las que creemos que proceden de fuera. Se refieren a los objetos materiales que creemos percibir por los sentidos (no nos proporcionan conocimientos ciertos porque los sentidos pueden engañarnos) –ideas facticias: creadas en mi mente por la imaginación –ideas innatas: son las que han nacido con nosotros (han sido impresas por Dios en nuestra alma); su objetividad se nos impone con evidencia inmediata (claridad y distinción) por lo que son siempre verdaderas.
Descartes admitirá la existencia de otras ideas innatas, que también son claras y distintas. Estas son: el yo que piensa (res cognitans), el ser infinito y perfectísimo (Dios), la realidad externa (res extensa/mundo) para Descartes, existe una correspondencia entre las ideas y la realidad, y por tanto deben existir tantas sustancias como ideas y la realidad, y por tanto deben existir tantas sustancias como ideas ciertas tengamos de ellas. Existen, por consiguiente 3 sustancias: Dios o la sustancia infinita y necesaria (res cogitans infinita), la substancia pensante (res cogitans) y la sustancia extensa (res extensa). Y cada una de ellas se define a partir del atributo que la define (un atributo es aquello por lo cual una sustancia se distingue de otra y es pensada por si misma) los atributos dependen de la sustancia y son inmutables. El atributo esencial constituye la naturaleza de una sustancia. Cada sustancia tiene un atributo esencial: pensamiento (res cogitans), perfección (Dios), extensión (res extensa). Los atributos esenciales se identifican con la sustancia.
Según esta clasificación de las sustancias, el hombre es un ser donde conviven dos sustancias finitas independientes res cogitas (alma) y res extensa (cuerpo), por definición una sustancia es “aquello que existe con independencia” sin embargo, lo único que existe con independencia absoluta es Dios, la sustancia infinita, pues las sustancias finitas sin independientes de cualquier otra sustancia finita pero necesitan a la sustancia infinita, Dios, para existir. Descartes soluciona este problema de independencia del alma y cuerpo a través de la glándula pineal.